கம்பனி ஆட்சி நிர்வாகம் அதிகரித்துக் கொண்டிருந்த நிலையிலும் தங்களுக்கு எதிரான நடவடிக்கைகளில் ஈடுபடும் பகுதிகளில் தங்கள் கருத்தை எடுத்துரைக்க இயலாத காரணத்தினால், தாங்கள் கைப்பற்றிய பகுதிகளில் சரிவர ஆட்சி செய்ய இயலாத நிலைக்கு கம்பனி ஆட்சியாளர்கள் ஒவ்வொரு நாளும் தள்ளப்பட்டனர். ஆங்கிலேய பாரளுமன்றத்தைச் சேர்ந்த உறுப்பினர்களின் எண்ணங்கள் கம்பனி ஆட்சியை ஆங்கிலேய அரசாங்கமே மேற்கொள்ளும் நிலையை வலியுறுத்தியது. கம்பனியின் நிதி நிலைமையும் மோசமாக இருந்தது.
நிதிக்காக பாராளுமன்றத்தில் விண்ணப்பமும் செய்திருந்தனர். இந்த நிலையைப் பயன்படுத்திக் கொண்டு, ஆங்கிலேய பாராளுமன்றம் சீரமைப்பு சட்டம் (கிழக்கிந்திய கம்பனி சட்டம் என்றும் அறியப்படும்) என்ற சட்டத்தை 1773 ஆம் ஆண்டு இயற்றியது. கம்பனி நிர்வாகத்தை நிர்வகிப்பதற்கான விதிமுறைகளை தளர்த்தி ஆளுநர் பதவியை உருவாக்குவது போன்றவை இந்த சட்டத்தில் இடம்பெற்றிருந்தன. இவ்வாறாக வாரென் காசுடிங்ஸ் (Warren Hastings) முதல் ஆளுநராக நியமிக்கப்பட்டார். 1784 ஆம் ஆண்டின் பிட்ஸ் இந்தியா சட்டம் கம்பனி நிர்வாகத்தை ஆங்கிலேய அரசாங்கத்தின் துணை நிலையாக மாற்றியது.

ஆங்கிலேயர் ஆதிக்க நிலப்பகுதிகளில் வேகமான வளர்ச்சியும் விரிவாக்கமும் அடுத்த சில பத்தாண்டுகளில் இருந்தது. 1766 முதல் 1799 ஆம் ஆண்டு வரை நடைபெற்ற ஆங்கிலேய-மைசூர் போர்கள் மற்றும் 1772 முதல் 1818 ஆம் ஆண்டு வரை நடைபெற்ற ஆங்கிலேய-மராத்திப் போர்கள் இந்தியாவின் பல்வேறு பகுதிகளை கம்பனி ஆட்சியின் கட்டுப்பாட்டில் கொண்டுவந்தது.

வரிவசூல் செய்யும் முறையில் கம்பனி அதிகாரிகளுடன் மதுரை பேரரசைச் சேர்ந்த பாளையக்காரர்களின் தலைவர்களுக்கு ஏற்பட்ட சிக்கல் சச்சரவாக மாறியது. பாளையக்காரர்கள் தங்கள் பகுதியே தாங்களே நிர்வகிக்கும் அதிகாரம் பெற்றிருந்தனர். இது ஆங்கிலேயர்கள் ஆதிக்கம் செலுத்துவதற்கு எதிரான முதல் எதிர்ப்பாக அமைந்தது. திருநெல்வேலி மாவட்டத்தைச் சேர்ந்த பாளையக்காரர் தலைவரான கட்டபொம்மன் கம்பனி நிருவாகத்தினரின் வரி வசூலிக்கும் முறைக்கு எதிராக 1790 ஆம் ஆண்டு கலகம் செய்தார். முதல் பாளையக்காரர் போரின் போது (1799–1802) கட்டபொம்மன் கைது செய்யப்பட்டு 1799 ஆம் ஆண்டு தூக்கிலிடப்பட்டார்.

ஒரு வருடங்கள் கழித்து இரண்டாம் பாளையக்காரர் போர் தீரன் சின்னமலை என்பவரால் நடத்தப்பட்டது. திப்புசுல்தான் பேரரசுக்கு பிறகு ஆங்கிலேயருக்கு எதிராக நடைபெற்ற மூன்று போரிகளில் வெற்றி பெற்ற தீரன் சின்னமலை மற்றும் அவரது இரண்டு சகோதரர்கள் சட்டவிரோதமாக தூக்கிலிடப்பட்டனர். ஆங்கிலேயருக்கு எதிராக நடைபெற்ற போரில் உயிரிழந்த இறுதி தமிழ் மன்னர் தீரன் சின்னமலை ஆவார். பல்வேறு இயக்கங்களை நடத்தி இந்த போரட்டங்களை கம்பனி ஆட்சியாளர்கள் தடைச் செய்தனர். தமிழ்நாட்டின் பெரும்பாலான பகுதிகளைத் தங்களது முழுமையான கட்டுப்பாட்டில் வைத்துக் கொள்ள பாளையக்காரர் போர் முடிவுகள் ஆங்கிலேயருக்கு உதவியது.

1798 ஆம் ஆண்டு லார்ட் வெல்சுலே (Lord Wellesley) என்பவர் ஆளுநராக பொறுப்பேற்றார். பின்வந்த ஆறு ஆண்டுகளில் அதிகமான வெற்றிகளைப் பெற்று கம்பனி ஆதிக்கத்தின் அதிகார எல்லைகளை இரண்டு மடங்காக உயர்த்தினார். பிரெஞ்சுக்காரர்கள் இந்தியாவில் மீண்டும் அதிகார உரிமை பெறுவதை தடை செய்தார். தக்காண பீடபூமி மற்றும் கர்நாடகத்தில் ஆட்சியில் இருந்த பலரை அழித்தார். முகலாய பேரரசை கம்பனி பாதுகாப்பின் கீழ் கொண்டு வந்து தஞ்சாவூரின் முகலாய மன்னரான சரபோஜியை கட்டாயப்படுத்தி உடன்படிக்கையின் கீழ் ஆட்சி செய்யும் நிலைக்கு கொண்டு வந்தார். மதராஸ் மாகாணம் நிறுவப்பட்டு கம்பனி ஆட்சியின் கீழுள்ள பகுதிகள் சிறப்பாக நிர்வகிக்கப்பட்டது.

ஆங்கிலேயர்களின் நேரடி நிருவாகம் மக்களிடையே சினத்தை ஏற்படுத்தியது. மதராஸ் மாகாணத்தின் ஆளுநராக இருந்த வில்லியம் பெண்டிக் பிரபு உள்ளூர் வீரர்கள் தங்களது சமய குறிகளை (விபூதி, திலகம் போன்றவை) செய்து கொள்ளக் கூடாது என்று ஆணையிட்டதைத் தொடர்ந்து வேலூர் பாசறையைச் (cantonment) சேர்ந்த வீரர்கள் 1806 ஆம் ஆண்டில் கலகம் செய்தனர். கிறித்துவ மதத்திற்கு மாறுவதற்கு இந்தச் சட்டம் தங்களை கட்டாயப்படுத்துவதாக எதிர்ப்பு தெரிவித்து வீரர்கள் கலகம் செய்தனர். 114 ஆங்கிலேய அதிகாரிகள் கொலைச் செய்யப்பட்டும், பல நூறு கிளர்ச்சியாளர்கள் தூக்கிலிடப்பட்டும் இந்த கலகம் ஒடுக்கப்பட்டது. அவமதிப்பு காரணமாக பெண்டிக் பிரபு பதவியிலிருந்து நீக்கப்பட்டார்.